У мужчин на гонококки исследуют отделяемое слизистой оболочки мочеиспускательного канала, парауретральных ходов, прямой кишки (в зависимости от предполагаемой локализации очага инфекции), при показаниях - ротоглотки, а также секрет предстательной железы. Перед взятием материала больной не должен мочиться 4 -5 ч. Головку полового члена сначала очищают стерильным ватным тампоном, смоченным 0,9% раствором хлорида натрия, затем - сухим тампоном. Мазки делают не из свободно вытекающего гноя, а из материала, полученного путём соскоба со слизистой оболочки ложкой Фолькмана или бактериологической петлёй. При скудных выделениях необходим предварительный массаж уретры.
У женщин отделяемое слизистой оболочки для исследования на гонококки берут из уретры. парауретральных ходов, шейки матки, бартолиниевых желёз прямой кишки, а по показаниям - из ротоглотки. Материал для исследования получают в положении женщины лёжа в гинекологическом кресле. Тщательно очищают от выделений из влагалища наружные половые органы и область вокруг ануса, массируют уретру и берут из неё соскобом материал ложкой Фолькмана или бактериологической петлёй. Шейку матки после введения зеркал обрабатывают сухим стерильным тампоном с целью удаления слизистой пробки. Отделяемое слизистой оболочки канала шейки матки собирают петлёй или пинцетом. Обращают внимание на наличие парауретральных ходов и состояние бартолиниевых желёз, так как в ряде случаев гонококк может быть выделен только из этих очагов.
При обследовании девочек берут отделяемое слизистой оболочки уретры, прямой кишки и из влагалища ложкой Фолькмана осторожно через отверстие в девственной плеве. Помимо указанных участков слизистой оболочки исследуют все очаги, подозрительные на гонококковое поражение.